La diarrea que traduce un compromiso del colon habitualmente es de naturaleza crónica -más de 4 semanas- y del tipo denominado inflamatorio. Se caracteriza por deposiciones de poco volumen, con pus o sangre, lo que sugiere la disrrupción de la mucosa por infección o inflamación.
Si la inflamación compromete el recto puede acompañarse de  sensación de urgencia para defecar o de tenesmo (evacuación dolorosa e insatisfactoria).
Si la inflamación se extiende al colon, la frecuencia evacuatoria puede aumentar y acompañarse de dolores, cólicos fiebre, pérdida de peso, anemia y otras manifestaciones extraintestinales.
La diarrea de tipo funcional, es otra forma de presentación frecuentemente observada por el médico gastroenterólogo o el médico de atención primaria. En ocasiones es de carácter explosivo e incontrolable, asociada o no a sensación de plenitud o dolorimiento abdominal, en ausencia de alteraciones bioquímicas de laboratorio o en otros exámenes complementarios de diagnóstico.
El médico consultado solicitará exámenes de laboratorio para establecer el impacto de la diarrea crónica sobre el estado general de nutrición y de los electrolitos sodio y potasio y establecer un criterio preliminar sobre su origen
Un examen completo de sangre evidenciará la presencia de anemia o de una concentración anormal de glóbulos blancos. Los exámenes de laboratorio incluyen electrolitos séricos, exámenes de función renal urea y creatinina y una evaluación nutricional básica consistente en determinación de linfocitos, calcio sérico fósforo proteínas totales y niveles de albúmina. Estos estudios le darán al médico una idea sobre el impacto de la diarrea sobre el estado circulatorio, renal y nutricional de quien lo consulta.
El tipo de diarrea puede ser definido tomando una muestra de materia fecal . así podrá categorizarse como acuosa, inflamatoria o grasa. Cada categoría tiene una diferente implicancia para el diagnóstico. La presencia de sangre sugiere una inflamación o en un determinado contexto una neoplasia. La presencia de pus indica inflamación lo cual podrá comprobarse buscando glóbulos blancos. La presencia de grasa puede establecerse de forma no cualitativa, no informa sobre la cantidad eliminada, solo si hay o no hay  grasa, pero orientará al estudio de mala absorción. Una diarrea que no contiene sangre, pus o grasa es categorizada como acuosa y puede ser debida a cambios secretorios o osmóticos.
La muestra inicial de materia fecal también tiene que ser enviada para un cultivo de bacterias y para la determinación de huevos y parásitos.
Según su criterio el médico tratante podrá eventualmente solicitar exámenes radiográficos o endoscópicos
Si el diagnóstico persiste incierto podrá solicitar la determinación cuantitativa de grasa en materia fecal. Consiste en recolectar toda la materia fecal producida en 48 o72 horas previa la ingesta de una dieta rica en grasas
La medición del peso diario de las heces tiene importancia diagnóstica.
Un peso menor a 250 gramos sugiere un proceso intermitente, el Síndrome de Intestino Irritable, o incontinencia fecal. Pesos mayores de 500 gr. por día excluyen el diagnóstico de intestino irritable. Pesos mayores a  1000gm. frecuentemente están causado por procesos secretorios. Una evacuación mayor a los 2000 gr. diarios habitualmente requiere reposición de líquidos endovenosos.
Si el médico  excluye el colon como causa de diarrea  y se descarta el abuso de laxantes  exámenes para determinar el estado de la absorción de la mucosa intestinal y el funcionamiento exócrino del páncreas ayudarán al diagnóstico de causas poco comunes de diarrea crónica.